加利福尼亚州劳伦斯伯克利实验室与美国能源部联合生物能源研究所（JEBI）的研究人员开发出一种新技术，使工程宿主微生物适用于经过离子液体预处理的生物质，因为入侵生物不可能耐受发酵原料中残留的离子液体，所以可以在有细菌污染的情况下进行发酵，研究人员已经对该方法申请了专利。
        由于离子液体对大肠杆菌等微生物是有毒的，常常用于生物燃料生产的下游步骤。传统方法中，使用离子液体处理过的生物质在加入微生物之前，要把离子液体彻底洗净。新工艺由于省略了清洗离子液体的步骤，提高了糖的回收效率和工艺的经济性。实验室的测试表明，携带IL耐性基因的大肠杆菌可以在含有4%的1-乙基-3-甲基咪唑翁氯化物的溶液中生长，并生产燃料前体红没药烯。